功能医学将人体视做一个整体，各个系统和各种因素之间形成互相影响的网络。因此功能医学在防治心脏病方面，提出了更加广泛的目标。它强调对于多种心脏病风险因素的全面控制，从生活方式改变开始，到整体内环境的改变。这显示出单一线性思维和功能医学强调的网络状关联思维的不同。
功能医学强调的多种因素导致心脏病风险升高，在治疗和诊断中应该注意不同致病因素的相互关联性。心血管本身机构和血流动力学的改变会导致高血压和血管内皮功能障碍的变化。
因此，现代医学也常常从这些因素入手，进行心血管疾病的预防和健康管理，而功能医学则是把这些因素，放在一个矩阵思考模式中综合考虑，如下图：
矩阵式思维，将各种心脏病相关的因素及其之间关系整合到一起：
如原发性高血压的相关因素：家族史、种族、年龄、吸烟、肾单位数目减少、体育锻炼少、肥胖、高钠饮食、过量饮酒、易怒、神经紧张、抑郁、炎症、糖尿病与血脂异常、缺乏钾，镁，维生素D等。
以及继发性高血压相关因素：睡眠呼吸暂停、慢性肾脏病、原发性醛固酮增多症、肾血管性疾病、慢性类固醇治疗、库欣综合征、嗜铬细胞瘤、主动脉缩窄、甲状腺或甲状旁腺疾病、口服避孕药、非甾体类抗炎药（特别是慢性）、抗抑郁药（TCA，SSRI）、糖皮质激素、减充血剂、减肥药物、促红细胞生成素（EPO）、环孢菌素、苯丙胺类兴奋剂，咖啡因等。
下面以压力为例，看看典型功能医学思维过程：
压力导致的各个系统的变化：
应激可引起冠状动脉收缩，增加血小板的粘性，促进血凝块的形成。
压力下的行为，如抑郁、焦虑、敌对、紧张的生活变化事件都与冠心病有关。
压力导致同型半胱氨酸、C反应蛋白和纤维蛋白原增加，所有这些都与冠心病风险增加有关。
压力会导致分泌炎性因子的深腹脂沉积，促进胰岛素抵抗和代谢综合征的心血管并发症。
压力导致房颤，最常见的持续性心律失常以及心室颤动，导致猝死。
压力会导致Takotsubo心肌病，也被称为“心碎综合症”。这种“心肌顿抑”是由于严重的左心室收缩功能障碍，经常类似一个巨大的心肌梗死。
压力导致和/或加重胆固醇，吸烟，高血压这些标准的Framingham风险因素，以及糖尿病和肥胖。
压力可以突发和/或恶化充血性心脏衰竭。
压力降低心率变异性，心率变异性可以客观、准确、灵敏的测量冠状动脉疾病以及对猝死的预测。
压力降低对感染的抵抗力。感染已越来越多地被视为促进炎症以及不稳定斑块的复合物的形成，阻断营养血管的通路。
严重的压力应激反应可导致心肌梗死，及时没有显着的动脉粥样硬化状况。
这样经过功能医学矩阵问诊，再结合多种心血管及相关代谢生理指标，例如血脂肪代谢与比值、血管壁完整性、慢性发炎因子、糖化反应与氧化压力等，就可以更加深入的分析人体的健康状况，为个人提供心血管健康及相关代谢的全面评估和健康干预建议。
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